在《实施意见》中，对商业房征收并没有特别的规定。然而，在具体的旧城改造工作中，商业房的征收量并不低。比如在正源街快速公交段，就涉及多个门面房的征收。因此，在《办法》中，对商业房的征收作出了明确的规定。

　　在货币补偿方面，商业房将“按房地产市场评估价的10%给予补助。”如果“被征收人在签约期限内签订协议并实施搬迁的，按房地产市场评估价的10%给予奖励，超过签约期限搬迁的，不再享受奖励。”

　　如果选择产权调换，被征收人如果“选择原地安置的，按被征收房屋建筑面积1：1返还，超面积部分按市场价购买。”如果“选择在征收部门规定的异地新建小区安置的，按被征收房屋建筑面积1：1.1返还，超面积部分按市场价购买。”

　　被征收人也可选择等价有偿方式产权调换，如果“选择在原地产权调换的，按照被征收房屋房地产市场评估价与安置房屋价值互相结算差价。”如果“选择在征收部门规定的异地新建小区产权调换，并且被征收人在签约期限内签订协议和实施搬迁的，按被征收房屋房地产市场评估价增加10%奖励，超过签约期限搬迁的，不再享受奖励。”

　　此外，如果“被征收人选择现房产权调换的，以被征收房屋房地产市场评估价与安置房屋价值互相结算差价。”除此以外，《办法》中还规定了厂房、门房、车棚等的补偿标准。

　　《办法》中规定，“实行期房安置的，由被征收人（承租人）自行过渡。住宅房屋临时安置费按照被征收住宅房屋建筑面积每平方米15元的标准，按月计发。”

　　“自被征收房屋搬迁验收之日起至通知进户之日为过渡期。安置多层住宅房屋的，其过渡期一般不超过18个月；安置小高层住宅房屋的，其过渡期一般不超过24个月；安置高层住宅房屋的，其过渡期一般不超过36个月；安置非住宅房屋的，其过渡期一般不超过24个月。过渡期超过上述规定期限的，其超过规定期限部分加倍计发临时安置费或停产停业损失补偿费。”

　　一些商家在旧城改造中，不得不面对停产停业的状况。对此，《办法》中也作出了专门的规定。“被征收人能够提供税务部门出具应纳税所得额凭证的，按照下列公式计算停产停业损失补偿：上年度应纳税所得额÷12(月)×停产停业期限(月)”。

　　“被征收人不能提供税务部门出具的应纳税所得额凭证，或者提供的应纳税所得额凭证不能反映停产停业损失的，按照下列公式计算停产停业损失补偿：被征收房屋房地产市场评估价值的7×停产停业期限(月)”。

　　“非住宅房屋被征收人选择货币补偿的，一次性发放3个月停产停业损失补偿；选择房屋产权调换的，按月计发停产停业损失补偿。停产停业期限不足1个月的，按1个月计算。”

　　《办法》中对征收住宅房屋，搬迁费按被征收房屋建筑面积每平方米15元的标准一次性发放给被征收人。按上述标准计算一次性搬迁费低于750元的，按750元计发。

　　如果征收的是非住宅用房，将按被征收房屋用途计发搬迁费：“用于办公的，按建筑面积每平方米15元的标准计发；”“用于商服的，按建筑面积每平方米18元的标准计发；”“用于生产加工的，根据设备拆装、运输实际发生的费用协商确定搬迁费。房屋征收部门负责搬迁的，不支付搬迁费。”如果“房屋被征收人选择货币补偿或者现房产权调换的，发给一次搬迁费；选择期房产权调换的，发给两次搬迁费。”